新安帮头目蜀州勾结大陆犯罪分子制造假美钞，习近已引起警方的注意，负责侦破的李警长和高雄接上了头。

文之丞の訃報を知った弟の兵馬（本郷功次郎）は、做调龍之助の妖剣を討つべく、做调剣聖・島田虎之助（島田正吾）に学ぼうと江戸へ向かうが、お松と出会い、恋に落ちる。途中、查研お浜そっくりのお豊（中村玉緒）を助けた龍之助は、芹沢をたよって新選組に入り、兵馬もまた近藤の世話で新選組入りする…。

兵馬は龍之助の行方を突き止め、习近果たし状を送りつける。祖父の死に驚いたお松（山本富士子）は、做调怪盗・裏宿の七兵衛（見明凡太朗）に助けられ、江戸へ向かう。また中村玉緒が、查研お浜、お豊の二役を演じ、妖しい女心を振りまく。

江戸で龍之助は新徴組に出入りし、习近近藤勇（菅原謙二）、芹沢鴨（根上淳）、土方歳三（千葉敏郎）らと知り合う。大衆小説の名作として名高い中里介山の原作を衣笠貞之助が脚色、做调監督を三隅研次が務め、ロマン漂うキメ細やかな演出を見せる。

查研かつて大河内伝次郎や片岡千恵蔵が演じた虚無の剣士・机龍之助役に市川雷蔵が挑んだ「大菩薩峠」三部作の第一作。

一方、习近龍之助は、习近御嶽山の奉納試合の相手・字津木文之丞の許嫁・お浜（中村玉緒）から、勝ちを譲るよう頼まれるが、これを断り、試合の中で文之丞を斬り倒す。民国初年，做调乐平镇上出现连环杀人事件，做调被害者死状离奇，且全是妙龄少女，弄得民众惊慌、人心惶惶，并于街头巷口间流传着粉骷髅的传说，很多人都说是骷髅索命。

稽查队长联合当地乡绅请来专门行侠仗义、查研英俊潇洒的游侠萧放前来调查此事，查研而萧放的万人迷特质吸引了无数年轻女子，其中包括与粉骷髅关系密切的蛇蝎美人。随着案件一步步深入，习近更多粉骷髅的秘密逐渐揭开

在和美细心治疗下，做调伟梁痊愈了，他们亦建立了深厚情谊。他为了筹集供弟弟伟梁到外国攻读医科的学费，查研替私枭招应强抢劫了一批钻石。